Οι ελληνικές αυτοδιοικητικές εκλογές 2006 πραγματοποιήθηκαν στις 15 Οκτωβρίου του 2006 στους 54 νομούς της χώρας.
Σύμφωνα με τον τότε νέο Κώδικας Δήμων και Κοινοτήτων ένα ποσοστό της τάξης του 42% αρκούσε για την εκλογή ανώτατων αρχόντων από τον πρώτο γύρο.Έτσι στη Σάμο εκλέχθηκε από την πρώτη Κυριακή ο Εμμανουήλ Κάρλας υποστηριζόμενος από το ΠΑΣΟΚ και τον Συνασπισμό.Αντίπαλός του ήταν ο Αλέξανδρος Γιαουτζής υποστηριζόμενος από τη Νέα Δημοκρατία και ο Δημήτρης Μαυρατζώτης υποστηριζόμενος από το ΚΚΕ
Τα αποτελέσματα των εκλογών αυτών
| ΥΠΟΨΗΦΙΟΣ ΝΟΜΑΡΧΗΣ | ΨΗΦΟΙ | ΠΟΣΟΣΤΟ | ΕΔΡΕΣ |
| ΕΜΜΑΝΟΥΗΛ ΚΑΡΛΑΣ | 13.665 | 48,08% | 13 |
| ΑΛΕΞΑΝΔΡΟΣ ΓΙΑΟΥΤΖΗΣ | 9.440 | 33,21% | 5 |
| ΔΗΜΗΤΡΙΟΣ ΜΑΥΡΑΤΖΩΤΗΣ | 5.317 | 18,71% | 3 |
| ΕΓΚΥΡΑ | 28.422 | 94,64% | |
| ΑΚΥΡΑ/ΛΕΥΚΑ | 1.610 | 5,36% | |
| ΣΥΝΟΛΟ | 30.032 | 57,35% | 21 |
| ΑΠΟΧΗ | 22.336 | 42,65% | |
| ΕΓΓΕΓΡΑΜΜΕΝΟΙ | 52368 | 100,00% |